高中生侦探工藤新一被称为日本警察的救世主平成年代的福尔摩斯一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣人新一跟踪他们直到交易现场另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态考虑到要是黑衣人知道他还活着的话必将使周围的亲朋好友受到牵连于是新一化名为江户川柯南寄住在毛利兰的家中想借助其父亲担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人